人工湿地根据湿地中主要植物形式，可分为浮水植物系统、沉水植物系统和挺水植物系统。沉水植物系统还处于实验阶段，主要应用领域在于深度处理；浮水植物系统主要用于N、P去除和提高传统稳定塘效率；日前应用的一般为挺水植物系统。
在挺水植物系统中，人工湿地按水流布水方式不同或水流方式差异一般分为表面流(SFCW) 和潜流(SSFCW)人工湿地。其中在潜流基础上又改造成了垂直潜流、水平潜流和潮汐潜流人工湿地系统等。
1、表面流人工湿地表面流人工湿地与自然湿地类似，污水流经湿地表面，污染物的去除依靠植物根茎的拦截作用以及根茎上生成的生物膜的降解作用。其造价低，运行管理方便，但不能充分利用填料及植物根系作用，去污能力有限，在处理废水过程中容易产生异味，孽生蚊蝇，一般不采用。
所谓表流型人工湿地，即水流在湿地表面呈推流式前进，有利于废水的自然复氧，在流动过程中，与土壤、植物及植物根部的生物膜接触，通过物理、化学以及生物反应，污水得到净化，并在终端流出。但表流人工湿地不能充分利用填料及植物根系的作用，水力负荷较低、占地面积大、容易生长蚊蝇、产生臭味，影响景观。
2、水平潜流人工湿地水平潜流人工湿地系统中，污水流经湿地床，可以充分利用湿地中填料，相对表面流人工湿地卫生条件及保温效果好，受气候影响小，水力负荷大，对BOD、COD、SS等指标的去除效果好。
潜流型则是指污水在湿地床的内部流动。潜流型人工湿地，水面位于湿地填料层以下，污水在填料床中沿水平方向缓慢流动，通过填料表面生长的生物膜，丰富的植物根系及填料截留等的作用对污染物进行去除由于水流在地表下流动，保温性较好，受气候影响较小，卫生条件好，是目前研究及应用最为广泛的湿地流态。
3、垂直潜流人工湿地垂直流人工湿地中，污水从湿地表面垂直流过填料床或从底部垂直向上流进表面，床体处于不饱和状态。垂直流人工湿地硝化能力高于水平流人工湿地，用于处理含氨氮（NH4+-N）浓度较高的污水更具优势。
垂直流人工湿地，水流在填料床中处于自上而下的垂直流动状态，水流流经床体后被铺设在出水端底部的集水管收集而排出，与水平潜流湿地相比，该类型湿地增大了污水与空气接触面积，有利于氧的传输，提高了处理效果，但系统控制复杂，落干/淹水时间长，夏季易滋生蚊蝇。垂直潜流型人工湿地是在垂直潜流系统中，污水由表面纵向流至床底，在纵向流的过程中污水依次经过不同的介质层，达到净化的目的。其占地面积较其它形式湿地小，单位面积处理效率高。
4、潮汐潜流人工湿地潮汐流人工湿地是近年来由伯明翰大学研究并提出，其是将芦苇床按时间序列交替地充满水和排干，从而大大提高了氧的传输速率和消耗，极大的提高了芦苇床的处理效果。
而水平潜流型人工湿地是潜流式湿地的另一种形式，污水由进水口一端沿水平方向流动的过程中依次通过砂石、介质、植物根系，流向出水口一端，从而净化水体。几类人工湿地各有优缺点，需针对不同的污水类型和地理条件灵活选用。
人工湿地污水处理具有因地制宜，出水水质好、抗冲击力强，建造和运行费用低和维护方便，氨氮去除率高，同时可使污水处理与环境生态建设有机结合等优点，能够有效减少农村分散式面源污染对流域水环境造成的破坏，在解决污水处理问题上应得到更多的推广。
