紫外线杀菌的原理是利用紫外线光量子的能量破坏各种微生物体的核酸结构，核酸是一切生命体的基本物质和生命基础，分为核糖核酸(RNA)和脱氧核糖核酸(DNA)两大类，紫外线可使核酸突变，使微生物丧失复制和繁殖的能力，因为DNA在254nm左右有最大的吸收率，所以254nm的紫外线对微生物具有非常好的灭活效果。
紫外线消毒为物理消毒方式，因此不需要添加任何化学试剂，也不产生消毒副产物，属于环境友好型消毒技术。在足够的紫外线辐照剂量下，理论上紫外线可以杀死一切微生物，包括细菌、病毒、真菌、孢子、原虫，且杀菌速度快，大多数都在1s之内，尤其对耐氯的原生动物（如贾第鞭毛虫和隐孢子虫）具有明显的优势。
根据253.7Ao波长的紫外线杀菌器，能破坏微生物DNA并致死的原理而设计的，它以304或316L不锈钢作主体材料，以高纯石英管作套管，配合高性能的石英紫外线低压汞消毒灯管，具有杀菌力强，寿命长、支行稳定可靠等优点，其杀菌效率≥99%，进口灯管使用寿命≥9000小时，该产品已广泛用于：
①食品加工工业水体消毒，包括果汁、牛奶、饮料、啤酒、食用油及各类罐头、冷饮制品等用水设备。
②医院、各类实验室用水消毒，以及高含量致病体废水消毒。
③生活用水消毒，包括居民住宅小区、办公大楼、自来水厂、旅馆餐厅等。
④生物化学制药，化妆品生产用冷却水消毒。
⑤水产品加工用水净化消毒。
⑥游泳池、水上娱乐设施用水消毒。
⑦海水、淡水育苗养殖（鱼、鳗、虾、贝壳类等）用水消毒。
