紫外线杀菌器杀菌原理是利用紫外线灯管辐照强度，即紫外线杀菌灯所发出之辐照强度，与被照消毒物的距离成反比。当辐照强度一定时，被照消毒物停留时间愈久，离杀菌灯管愈近，其杀菌效果愈好，反之愈差。
紫外线杀菌器的优势主要体现在以下五大方面：
一、紫外线杀菌器运行安全、可靠：传统的消毒技术如采用氯化物或臭氧，其消毒剂本身就是属于剧毒、易燃的物质。而紫外线消毒系统不存在这样的安全隐患。
二、紫外线杀菌器本及运行维护费用低：紫外线杀菌设备占地小，构筑物要求简单，因此总投资较少。在运行方面成本也较低，在千吨水处理量水平，它的成本只是氯消毒的1/2。
三、紫外线杀菌器高效率杀菌：紫外线对细菌、病毒的杀菌使用一般在一至二秒即可达到99%-99.9%的杀菌率。
四、紫外线杀菌器无二次污染：紫外线杀菌不加入任何化学药剂，因此它不会对水体和周围环境产生二次污染。不改变水中任何成分。
五、紫外线杀菌器高效杀菌广谱性：紫外线杀菌的广谱性是最高的，它对几乎所有的细菌、病毒都能高效率杀灭。
