生态净化系统的设计和构建的核心是依据生态原理，形成多层次的水生生物系统，构建食物链，降解、固定或转移污染物和营养物，并通过这个过程净化水质。其模式图如下：

技术原理：

    通过生态修复技术种植和恢复水生植被特别是沉水植被，改善水质，使水体清澈；并通过修复后的沉水植被的光合作用把大量的溶解氧带入底泥，使淤泥中的氧化还原电位升高，促进底栖生物包括水生昆虫、蠕虫、螺、贝的滋生，进而使水体生态系统恢复多样性；最后有序地放入鱼、虾、蟹类等原有土著水生动物，平衡沉水植被的生产力，同时优化水体水生生物的多样性，形成良性循环的水生生态自净系统，全面恢复水生生态系统。于此同时，水体经过生态系统营养成份的循环后得到净化，就称为水体的“生态自净”。